Chemistry Labs

新興の学際分野

材料設計・逆分子設計

望ましい分子・材料特性から候補構造を逆向きに探索する計算・機械学習手法と、化学、合成可能性、不確実性による制約を学びます。

直観有用な性質から逆向きに設計する

順方向予測は構造から性質を推定します。逆設計は色、伝導性、結合親和性、安定性などの目標から出発し、それを満たす構造を探します。同じ目標を満たす構造が多数ある場合も、全制約を満たす構造がない場合もあります。

候補構造、予測物性、設計目標の関係を調べる対話型シミュレーションです。

学校化学構造の探索空間

定義: 設計空間

設計空間は探索が表現できる候補構造の集合です。不正な原子価や不可能な組成を許す表現は探索を浪費し、狭すぎる表現は有用な化学を排除します。

分子グラフは原子を頂点、結合を辺として表します。化学的妥当性にはグラフの構文以上のものが必要で、原子価、電荷、芳香族性、立体化学、安定性が重要です。妥当なグラフでも合成不能なことがあります。

大学制約下で目的関数を最適化する

max⁡x∈Xf(x)subject togi(x)≤0\max_{x\in\mathcal{X}} f(x)\quad\text{subject to}\quad g_i(x)\leq 0

ここで xx は候補、ff は予測目的関数、gig_i は毒性、費用、安定性などの制約です。モデルのスコアの意味は学習データ、較正、実験測定との関連性に左右されます。

定義: パレートのトレードオフ

複数目的では、すべてで同等以上かつ少なくとも一つで優れる候補が他を支配します。パレート前線は支配されないトレードオフを示し、その選択にはモデルスコアだけでなく用途上の優先順位が必要です。

上級探索・不確実性・検証

ベイズ最適化は、実験が高価な場合、予測性能と不確実性のバランスから次の候補を選べます。その有効性は代理モデル、目的に合う獲得関数、適用範囲外候補の適切な扱いに依存します。

生成構造は化学的妥当性、新規性、物性予測の不確実性、合成容易性を独立に確認すべきです。逆合成推定は保証ではなくフィルターであり、経路品質と実験成功には実験的判断が必要です。

研究研究の最前線

信頼できる発見サイクルでは、測定可能な目標を定め、多様な候補を提案し、安全で情報量の高い実験を行い、否定的結果も報告してモデルと制約を更新します。証拠となるのは生成構造の新規性ではなく、測定された材料です。

参考文献

  • Inverse molecular design using machine learning: Generative models for matter engineering · B. Sanchez-Lengeling, A. Aspuru-Guzik, 2018
  • Machine learning in materials informatics: recent applications and prospects · R. Ramprasad et al., 2017
  • Molecular de novo design through deep reinforcement learning · M. Popova, O. Isayev, A. Tropsha, 2018