Docking ligand vào túi protein

Lái một phân tử nhỏ vào túi liên kết mô hình bằng thanh trượt ξ và quan sát các tiếp xúc nào phải thẳng hàng để gắn — trái tim hình học của thiết kế thuốc dựa trên cấu trúc.

Mục tiêu

Nhận ra vì sao tư thế gắn cần cả bổ sung hình dạng (vòng lấp đầy túi) lẫn bổ sung hoá học (nhóm –OH của ligand nằm cạnh chất cho), và điểm docking xếp hạng tư thế thế nào.

Dụng cụ và hoá chất

Trạm docking ảo: túi mô hình có đánh dấu nguyên tử cho/nhận, một ligand, và thanh trượt cho toạ độ docking ξ.

Giải thích

Năng lượng tự do gắn kết $-\Delta G = RT\ln K_a$ thưởng cho liên kết hydro, bề mặt kị nước bị chôn và mất solvat hoá, và phạt sự mất tự do quay. Chương trình docking sinh các tư thế, chấm điểm bằng xấp xỉ các số hạng đó và giữ tư thế tốt nhất — cùng logic với ý tưởng khoá–chìa của Fischer (1894) được Koshland tinh chỉnh thành khớp cảm ứng. Chuỗi SAR sau đó kiểm tra mô hình: một nhóm thế làm mất liên kết hydro then chốt nên làm giảm ái lực ~4–20 kJ/mol.

Thí nghiệm ảo: một mô hình đơn giản hoá để xây dựng trực giác. Nó không thay thế thực hành thật và huấn luyện an toàn; không tự làm lại tại nhà khi không có người hướng dẫn.